El método de el Bujinkan se llama Bujinkan Budō Taijutsu (武神館武道体術) y es una colección de nueve linajes marciales antiguos, conocidos como ryūha. Anteriormente se llamó Bujinkan Ninpô Taijutsu, pero era conocido con el nombre genérico de Ninjutsu. Tres de las nueve escuelas que componen la Bujinkan, son de Ninjutsu. Las otras seis son de Bujutsu ("Arte de guerra") que comprenden Artes marciales tradicionales del Japón.
Bujinkan es una escuela tradicional de Budo, y siendo un arte Zen hace un estudio en conceptos propios del mismo, tal como el de fudoshin ("corazon inmutable")
